Příčina vzniku perel byla vždy kontroverzním tématem ve výzkumu perel a moderní názory na příčinu vzniku perel lze shrnout do následujících pohledů:

(1) Teorie cizích objektů

Tato teorie je založena na myšlence, že "jádrem přírodních perel produkovaných mořskými a sladkovodními perlorodkami jsou larvy, hlavičky nebo vajíčka parazitických červů nebo tasemnic". Když se různí mlži v mořské nebo sladké vodě setkají s nějakým cizím tělesem (např. zrnky písku nebo parazity), které napadne jejich plášť, je plášť stimulován k tomu, aby neustále vylučoval perleť a obaloval cizí těleso vrstvu po vrstvě, a nakonec se z něj časem vytvoří perla. I když se však písek nebo paraziti uměle umístí do ústřic produkujících perly, nedosáhne se tím cíle, kterým je tvorba perel. Teorie cizích objektů se tedy uplatňuje pouze pro vysvětlení příčin vzniku některých přírodních perel.

(2) Teorie perlového vaku

Pokud vnější faktory stimulují epitelové buňky pláště, mohou stimulované epitelové buňky využít zbytky parazitů jako jádro, částečně se zapouzdřit do pojivové tkáně pláště nebo jiných oblastí tkáně a vytvořit kolem ní perlový váček. Perlový vak se skládá z fyziologicky a strukturálně podobných buněk jako epitelové buňky pláště, které tvoří schránku. Perleťový váček vylučuje perleť, která se přichytí na cizí předmět, jenž podněcuje plášť, nebo na materiál vylučovaný samotnou lasturou, a postupně vytváří perlu. Mezi nimi se perly tvořené parazity, jako je jádro v pojivové tkáni pláště, nazývají perly váčkové, zatímco perly svalové se tvoří ve svalové tkáni přitahovacího svalu. Pokud je perlový váček zcela zapuštěn do těla ústřice, vzniká perla volná, a pokud je perlový váček zapuštěn částečně, může tvořit pouze perlu připojenou k lasturám.

Chov perel je umělá implantace perleťového jádra ze sladkovodních mušlí nebo malých kousků pláště podobných mušlí do pojivové tkáně pláště perlorodky, která má stimulovat perlorodku k vytvoření perlového váčku. Malé kousky pláště obalené uvnitř váčku se dále množí kolem středu a vylučují vrstvy perleti, které tvoří perly.

Teorie vzniku perlového váčku vysvětluje přirozený proces vzniku perel a je také teoretickým základem pro pěstování krásných perel.

(3) Teorie degenerace epidermálních buněk

Tato teorie byla navržena na počátku 20. století a předpokládala, že epidermální buňky perlového vaku se skládají z jedné vrstvy buněk, které vylučují tři látky: bílkovinu lastury, prizmatickou látku a perleť. Později vědci zjistili, že když se mění tlak na stěnu perlového vaku, mění se i jeho schopnost vylučovat perleť, což vysvětluje vrstevnaté změny u perel. V polovině 20. století se japonští vědci Bunji Hamaguchi, Yoshikazu Matsui a další domnívali, že nejen plášť, ale i epidermální buňky nacházející se v přitahovacím svalu lastury mohou v důsledku změn morfologie a funkce procházet abnormální proliferací, což vede k prohlubním a vzniku mnoha perleťových váčků, čímž vznikají malé perly Keshi.

Tato teorie může lépe vysvětlit vznik perel Keshi.

(4) Teorie biologické příčiny

Tato teorie byla navržena na počátku 20. století a naznačovala, že žádné důkazy nenasvědčují tomu, že by přírodní perly vznikaly v důsledku pronikání zrnek písku do lastury. Na základě výsledků biologického výzkumu je dalším možným důvodem stimulace proliferace epitelových buněk přítomnost růstové anomálie. Epitelové buňky na vnější vrstvě získávají informace z bílkovinného řetězce známého jako " G protein", které se přenášejí a replikují, a rychle rostoucí epitelové buňky neexistují ve shlucích, ale spíše jako jednobuněčná vrstva a vytvářejí prohlubně, které vedou k proliferaci jednovrstvého nádoru. Chemické změny a vzájemná konkurence mezi plášťovou tkání a nad ní ležícími epiteliálními buňkami způsobují, že proliferující buňky tvoří spíše jednu vrstvu než masu. Růstová anomálie se dále zvětšuje a vytváří v plášti vroubkovanou vrstvu, která se pak prohlubuje a rozšiřuje, až se z ní stane perlový váček, který nakonec vytvoří perlu.

Tato teorie může lépe vysvětlit vznik přírodních perel.